請以無菌容器如紫色蓋子厭氧血液培養瓶(參閱附件一，採檢容器29)或細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)採檢，將檢體保存於室溫，儘速送檢(24小時內)。運送過程保持室溫，避免低溫。

1. 傷口/膿：採檢前以70％ alcohol擦拭病灶周圍皮膚，待乾燥後以iodine消毒。若傷口很髒，可用無菌不含任何抗生素的生理食鹽水沖洗傷口再採取檢體。使用細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)採集深層部位的檢體，在傷口上輕輕轉動棉棒約5次，儘量沾取有膿及發炎的部位。室溫保存，室溫儘速送檢。
2. 胸水、心包膜液、羊水、膽汁、腹水、關節液、血液等體液：以70％ alcohol擦拭穿刺部位皮膚位置，待乾燥後以iodine在欲穿刺部位皮膚為中心點，以圓周方式繞圈由內向外消毒，使用無菌空針採集檢體，將檢體3-10 mL(最適合量8-10 mL；可接受範圍量3-10 mL)注入紫蓋紫色蓋子厭氧血液培養瓶(參閱附件一，採檢容器29)或將檢體至少1mL注入細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)。室溫保存儘速送檢。若要送針筒檢體，請拔掉針頭，蓋上蓋子送檢。
3. 膀胱穿刺尿：採集前需以70%酒精消毒皮膚，使用無菌空針抽取後，將檢體至少1mL注入細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)。室溫保存，儘速送檢。若要送針筒檢體，請拔掉針頭，蓋上蓋子送檢。
4. 糞便：當懷疑為Clostridium difficile所引起的偽膜性腸炎，採集直腸檢體，須以肥皂、水和70%酒精將肛門周圍洗淨，用細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)插入肛門括約肌約1吋，輕輕旋轉，取出細菌培養棉棒，放置於傳送培養基。室溫保存，室溫儘速送檢。
5. 若同時要操作嗜氧培養，嗜氧培養檢體請額外使用無菌培養杯(參閱附件一，採檢容器26)、藍色蓋子需氧血液培養瓶(參閱附件一，採檢容器28)或細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)送檢。
6. CSF檢體中分離出厭氧菌比率甚低(﹤1%)，因此，CSF做厭氧培養之臨床診斷價值不高。
7. 儘量在使用抗生素之前收集檢體。
8. 收集足量的檢體，檢體量不足時，可能會導致偽陰性的結果。
9. (參閱附件五：微生物檢驗單)

檢體退件：容器錯誤，冷藏，漏損汙染，檢體不足，非無菌容器，檢體無標示，真空採血管，含針頭之針筒，以下檢體不接受厭氧培養：痰液、咽喉、鼻腔、下呼吸道、中段尿液、導尿、 導管、子宮頸、陰道、尿道、前列腺液、精液、牙齦、胃液及腸道檢體。

厭氧菌可在全身部位造成感染，傷口/膿分離出厭氧菌的比例最高，其次為血液、無菌體液。

常見的厭氧菌為Bacteroidea spp.、anaerobic cocci、Propionibacterium spp.、Clostridium spp.及Fusobacterium spp.。