新鮮痰液，必須先刷牙，以清水先充分漱口清潔口腔後再咳出應全部收集。收集時間以早上起床咳出第一口痰為佳檢體，不要參雜口水唾液，其代表肺部整晚所分泌的痰液。痰液收集當以無菌廣口塑膠杯。痰液檢查應以當天就完成檢驗。如果無法馬上檢驗，可保存於2-8℃，24小時內送檢。

檢體退件：唾液檢體；衛生紙包覆；未使用無菌杯採集；乾掉的痰液檢體

在正常情況下，咳痰甚少，主要是粘液，呈無色或淺白色，鏡檢可見少量的白血細胞、扁平上皮細胞和粘液。

痰液粘稠度與咳痰難易密切關係，含粘液多則粘稠，少則稀薄。觀察痰液時應除外藥物誘致粘稠度的改變。例如，服用氯化銨、化痰片、桔梗等後，可使粘痰變稀而易於咳出；給予阿托品等後致痰變稠而不利於排痰。

痰液顏色淺白色見於粘液痰；黃色或黃綠色膿痰常表示肺部感染性病變；綠色表示綠膿桿菌感染；棕黃/鐵锈色由於肺泡內紅細胞破碎，含鐵血黃素析出混於痰中所致，見於大葉性肺炎（紅色肝變期）或肺梗塞時。紅色／棕紅色於咳血及急性肺水腫，痰內含有紅細胞或血紅蛋白之故；紅竭（巧克力）色為膿和血的均勻混合，見於阿米巴性肝膿腫，肺膿腫破入支氣管時；爛桃樣灰黃色由於肺的壞死組織分解所致，見於肺吸蟲病；黑色／灰色常見於各種肺塵埃沉著症（如炭末、煤灰、鐵末、石粉等沉著）、吸煙過多、二手菸環境中健康者的痰中。

痰液中若混有血液，其血液可來自口腔、鼻腔、咽喉、氣管、支氣管、肺泡等各部，應結合臨床症狀與之區別。咳血以肺結核最為常見，其次支氣管擴張、支氣管炎、肺炎、肺膿腫、肺外傷、肺腫瘤、風濕性心臟病二尖瓣狹窄、肺動脈高壓時，也可見於肺梗塞、肺部勾端螺旋體病、流行性出血熱、白血病以及特發性肺含鐵血黃素沉著症（常混有黃色痰液）等。