Stool (糞便)請以無菌容器如無菌培養杯，不可加固定液 (參閱附件一，採檢容器26)、細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)或藍蓋糞便常規採檢管(不可加固定液，參閱附件一，採檢容器19)採檢，保存於2-8℃冷藏，儘速送檢(24小時內)，運送過程保持冷藏。

1. 將糞便排在乾淨且清潔的便器中，再裝入無菌培養杯(參閱附件一，採檢容器26)，約花生米大小(約2g)。
2. 糞便採集直腸檢體：須以肥皂，水和70%酒精依序將肛門周圍洗淨，用細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)插入肛門括約肌約1吋，輕輕旋轉，取出細菌培養棉棒，放置於傳送培養基。
3. 不可使用衛生紙收集糞便檢體。
4. 糞便應採新鮮的標本，勿待糞便乾燥後才採集。
5. 勿送檢同一個病人在三個星期期間所收集的多個檢體或同日間送出多次採集的檢體。
6. 住院超過3天且經醫師診斷不是腸胃炎病人時，不要持續送檢常規的stool culture應考慮Clostridium difficile所引起的偽膜性腸炎，改送檢厭氧培養，一定要使用細菌培養棉棒送檢(參閱附件一，採檢容器31)。
7. 若懷疑為腸球菌所引起的感染，請在送檢單的備註欄註明vancomycin resistant entercoccus (VRE)，鑑定流程才會針對腸球菌作鑑定，因為腸球菌為腸道正常菌叢，所以在一般常規的糞便培養不需特別將腸球菌列為致病菌。
8. 若病患有水便或腹瀉不止的情形疑似細菌性所造成腸炎時，最好連續送檢，才能有效檢測出致病原。
9. 本所未操作Campylobacter和E.coli O157的培養。
10. 本所目前有操作針對沙門氏菌、志賀氏菌、金黃葡萄球菌、仙人掌菌的廚工檢查，請在送檢單上註明並用細菌培養棉棒(參閱附件一，採檢容器31)送檢。若有大量送檢(超過100個檢體)，請於預估送檢日前一週和本所細菌室說明(要備貨和預估溫箱使用量)。
    (參閱附件五：微生物檢驗單)

檢體退件：保存溫度不正確，漏損汙染，檢體不足，非無菌容器，檢體無標示，衛生紙包裹的糞便，檢體收集後放置過久而乾燥的糞便檢體，同一個病人在三個星期期間所收集的多個檢體或同日間送出多次採集的檢體，病人已接受抗生素治療後的採集檢體

急性傳染性腹瀉是由許多不同因子所造成的，不同的微生物皆有可能是原兇，例如細菌、病毒、原蟲等，而細菌是造成腹瀉常見的因子。糞便中微生物的種類和數目，可依個人飲食、藥物治療、及外科手術而有所變化。引起細菌性腸炎之病原菌，以Salmonella enteritidis和Shigella最為常見。此外，Campylobacter；Yersinia enterocolitica；Yersinia pseudotuberculosis；Staphylococcus aureus；Yeast；Vibrio cholerae；Vibrio parahaemolyticus；Aeromonas；Plesiomonas；Clostridium difficile；Bacillus cereus；Pseudomonas等也與腸炎有關。

Shigella常與飲食有關，會有嚴重的血便，Salmonella常引起食物相關的腹瀉，Vibrio常與海鮮類食物腹瀉有關。在治療過程中若過度使用抗生素會造成正常菌落的改變，使某些菌過度生長造成腹瀉，這些菌包含C.difficile、S.aureus、Candida spp.、P.aeruginosa。