使用平舖衛生紙、便盆，解得糞便，以木製壓舌板取下約一節小指(大顆花生米)大小的糞便，放入無菌有蓋的塑膠杯(不能有衛生紙) (參閱附件一，採檢容器19)。檢體分析是一次性，不進行原管複驗。檢體採取後立刻送檢，若不能立刻送檢，可置於2-8℃冰箱，24小時內送檢。

檢體退件：用衛生紙包覆檢體；水樣便；採檢容器不符；放置室溫時間過久(>2小時)

胃腸道出血、發炎、潛血、寄生蟲、及消化評估的糞便常規鏡檢。

成年人每天約為100至200克糞便，在吸收不良的情況下排便量會大於1200克。通常糞便為褐色，由糞膽素stercobilin所造成，而糞便顏色易受飲食、食物色素、藥物及糞便中血液所影響。新生嬰兒，因腸內尚未建立正常菌叢，糞便顏色為黃色至黃綠色。

在某些疾糞便顏色為：黃色至綠色：嚴重腹瀉。黑色：上消化道（胃、十二指腸）出血。淡黃、白或灰色：總膽管阻塞或胰臟功能不全，產生無膽汁油脂狀糞便。鮮紅色：下消化道（直腸、肛門）出血。大量黏液為不正常現象，可能為腸發炎或受到刺激，通常與結腸疾病有關