寄生蟲體、幼蟲、蟲卵，並不是隨時可以被發現，最好能提供三次檢體，各間隔 2-3天，解大便於乾淨容器或紙上，以內附攪拌棒挖取約一粒花生米大小之糞便，如水便或稀便以塑膠吸管吸取1-2 mL，放入S-Y糞便採集容器(參閱附件一，採檢容器18)，使用MIF (Merthiolate-Iodine-Formaldehyde)固定液，固定應在一小時內完成，請聯絡本所索取採檢容器與提供混合好的Merthiolate-Formaldehyde(MF) 固定液，檢體進到實驗室後再加入碘液(Iodine)進行分析。檢體採集後請立刻室溫送檢，若不能立刻送檢，可置於4℃冷藏，24小時內送檢。如果能夠問得個案旅行的資訊，將有助於針對那個地區可能的寄生蟲進行檢驗。

固定液分注方法：

1. 將S-Y糞便採集容器上的採便棒拉高約0.5 cm。
2. 檢體與MF適當比例為1:10，一顆花生米大小的糞便約為0.2g，以分注瓶用力壓到底3次即約打入6 mL；若為一節姆指大小糞便，應以分注瓶用力壓5次共打入約10 mL。請注意加MF時，以分注瓶之出口尖頭從橡膠環體與塑膠接觸處插入，每一次用力壓到底約為2 mL。
3. 再以採檢棒攪拌糞便，分散成乳狀，站立放置即可。
4. 但若糞便採集量過多時，應倒出多餘之糞便或最多只攪拌拇指大之糞便。

如果想檢驗原蟲、阿米巴、鞭毛蟲，僅提供台北有限的地區急件收檢。
如果想檢驗蟯蟲，早起如廁前將蟯蟲檢查紙背面的玻璃貼紙拿掉，將有黏性的部分直接對準肛門口稍稍用力壓貼5-6下採集，再沿著檢查紙正面虛線對折，並盡速送檢。
如果想檢驗絛蟲，請送檢全部糞便，或許可以找到絛蟲的頭。 採檢時間以實驗室上班的時間內為佳，儘速檢驗。檢體分析是一次性，不進行原管複驗。

補充說明：因應疾管署113年制定MIF染色、固定及濃縮法之指示，請在送檢單上註明加入MIF溶液的時間，假如延遲加入MIF溶液固定，則可能影響蟲卵檢出機率。

檢體退件：用衛生紙包覆檢體、水樣便、採檢容器不符、放置室溫時間過久(>2小時)

通常是未知原因的腹瀉，需要糞便寄生蟲觀察，包括原蟲、阿米巴、以及經由汙染的食物飲水傳染的胃腸道寄生蟲。避免傳染的原則：食物煮熟、開水要滾，以及隨時洗手

阿米巴性痢疾屬於第二類法定傳染病，應通報疑似病例。